Karakter dan Klasifikasi Jamur

KLASIFIKASI JAMUR

Klasifikasi jamur merupakan pengaturan fungi ke dalam grup (takson) tertentu. Sedangkan identifikasi adalah proses penentuan suatu isolat termasuk dalam takson tertentu. Proses identifikasi dapat dilakukan apabila karakterkarakter isolat fungi diketahui. Karakter yaitu atribut/ciri organisme yang dapat digunakan sebagai dasar untuk perbandingan dengan organisme lain. Tipe karakter dapat ditinjau dari segi morfologi, anatomi, ultrastruktur, biokimia, sekuensi asam nukleat,dll.

A. Karakter morfologi
Karakter morfologi misalnya bentuk, ukuran, dan warna thalus, struktur produser spora. Pengamatan makroskopik dan mikroskopik isolat fungi dapat dilakukan dan perlu diketahui medium yang digunakan untuk menumbuhkan fungi, umur isolat, maupun suhu inkubasi. Pengamatan makroskopik koloni kapang
meliputi warna koloni, tekstur koloni, permukaan koloni ,growing zone/zona pertumbuhan ,zonasi, radial furrow (garis dari pusat koloni ke tepi koloni, Gambar 1) , exudate drops/tetes air (merupakan hasil metabolisme fungi), warna sebalik koloni (reverse colony), dan sklerotia (massa hifa yang menebal).
Gambar 2 menunjukkan koloni Aspergillus sp dengan karakter makroskopik koloni yaitu tekstur bergranula, ada zonasi, dan growing zone/zona pertumbuhan.

 

 

Pengamatan mikroskopik meliputi spora (bentuk,permukaan,warna,ukuran), vesikel, kolumela, konidiofor, ataupun sporangiofor. Hasil pengamatan makroskopik dan mikroskopik kapang dapat digunakan
untuk identifikasi kapang sampai tingkat genus. Sedangkan penentuan sampai tingkat spesies masih memerlukan karakter lain misalnya biokimiawi. Identifikasi kapang yang paling umum dilakukan adalah menggunakan kunci dikotomi dan kunci gambar kapang. Buku-buku literatur yang dapat digunakan
misalnya 

• Ainsworth, Sparrow, and Sussman (1973) and Arx (1981); Barron (1968), 
• Barnett and Hunter (1987), Carmichael et al. (1980), 
• Nag Raj (1993), Sutton (1980), O'Donnell (1979), Domsch et al. (1980), 
• De Hoog and Guarro (1995), 
• Gravesen et al. (1994), Samson, et al. (1995), 
• St-Germain dan Summerbell (1996), serta 
• Wang dan Zabel (1990). 

Yeast-like fungi (imperfect yeasts) bereproduksi hanya secara aseksual. Identifikasinya didasarkan pada kombinasi antara karakterstik morfologi dan biokimia. Karakteristik morfologi dapat digunakan untuk identifikasi sampai tigkat genus sedangkan karakteristik biokimia dapat digunakan untuk membedakan berbagai spesies Prosedur identifikasi yeast yang akan dibahas dalam makalah ini adalah identifikasi konvensional dengan karakteristik dasar yaitu karakter kultur, struktur aseksual, struktur seksual, dan fisiologi. Karakteristik kultur meliputi warna, bentuk, ukuran, dan tekstur koloni. Struktur aseksual meliputi bentuk dan ukuran sel; tipe budding (unipolar, bipolar, multipolar); keberadaan arthroconidia, ballistoconidia, blastoconidia, clamp connections, endoconidia, germ tubes, hyphae, pseudohyphae, sporangia dan sporgangiospores. Struktur seksual meliputi askospora atau basidiospora (pengaturan, ornamentasi dinding selnya, jumlah, bentuk dan ukuran). Karakteristik fisiologi meliputi asimilasi, resistensi terhadap sikloheksamid, fermentasi, penggunaan nitrogen, hidrolisis urea dan studi suhu optimal.

B.Karakter anatomi
Karakter anatomi fungi dapat diketahui dengan melakukan potongan
thallus atau struktur yang lain sehingga dapat diketahui berbagai informasi
misalnya pengaturan hifa, asci/basidia, struktur hifa, dll. Pada tahun 1960-an
ditemukan mikroskop elektron yang mendukung pengamatan anatomi fungi
antara lain struktur dinding asci, ornamentasi spora, struktur internal
mitokondria, dll.
C.Karakter biokimia
Prosedur kromatografi, elektroforesis, dll dapat digunakan untuk
menentukan karakter biokimia fungi. Yeast apabila hanya diketahui ciri
morfologinya maka sangat kurang sehinga perlu dilakukan tes asimilasi gulagula.

D.Karakter lain
1. tipe pelapukan terutama species pelapuk kayu (Basidiomycota)
2. distribusi geografi terbatas

3. teknik molekuler misalnya dengan sekuensing yang saat ini banyak
dikembangkan karena data yang didapat dapat lebih cepat dan akurat.

Konsep species

1. Morfological: hanya didasarkan pada karakter morfologi-mayoritas fungi
2. Biological-dapat melakukan interbreeding dan terisolasi secara reproduktif dari populasi lain-tidak dapat diterapkan pada fungi yang bereproduksi secara aseksual
3. Filogenetik-ditentukan oleh analisis filogenetik (hub.evolusioner)-umum Carl Linnaeus (1707-1778) the “Father of Taxonomy”

• "Minerals exist; plants exist and live; animals exist, live and sense.”
• Tanaman tanpa organ sex yg jelas diklasifikasikan dlm kelas

Cryptogamia (lichens, fungi, mosses, ferns)
Tokoh ini mengemukakan bahwa fungi merupakan tanaman primitif Gambar menunjukkan sistem klasifikasi organisme 2 kingdom dan fungi masuk dalam kingdom plantae. Sedangkan Gambar merupakan sistem 5 kingdom yang telah memisahkan fungi dalam kingdom tersendiri.

Klasifikasi modern yang sekarang dikenal yaitu menunjukkan paling sedikit 7 kingdom yaitu Eubacteria, Archaebacteria, Animalia, Plantae, Eumycota, Stramenopila (Chromista), Protoctista (Protozoa, Protista).
Sedangkan klasifikasi 3 domain menunjukkan fungi masuk domain Eucarya Gambar 6 menunjukkan klasifikasi fungi menurut Alexopoulus (1996) yang sudah tidak memasukkan deuteromycota. Deuteromycota merupakan kelompok artifisial dan digunakan untuk memasukkan fungi-fungi yang tidak diketahui reproduksi seksualnya.
 

Kajian hubungan filogenetik antar organisme menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan fungi lebih dekat dengan hewan daripada dengan tumbuhan. 

Gambar 7 menunjukkan hubungan filogenetik hewan dan kingdom fungi, dan mulai terpisah pada karakter kehilangan kemampuan fagototrof. Zygomycota hifanya tidak bersekat sehingga terpisah dengan Ascomycota dan Basidiomycota. Karakter adanya clamp connection, dolipore septum, dan basidiospora memisahkan Basidiomycota dengan Ascomycota.